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キトサンには分子量の大きさが違う低分子、中分子、高分子、また水に溶ける水溶性キトサン、とけない非水溶性キトサンなどの種類があり、それぞれ使い方によって性質も異なります。
高分子は分子量が10万～100万ほどつながったものを言い、それ以下のものを低分子と言います。人体の腸から普通、吸収される物質の分子量はだいたい2万程が限度といわれ、これを考えると高分子のキトサンでは吸収できず効果も期待できないものになり、工業用、医療用、農業用などに使用されています。現在は研究開発によりバイオテクノロジー技術によって分子量が2000～6000程の安全で純度の高い低分子キトサンができるようになり健康食品として効果を発揮できるようになりました。